Der Akte X-Kinofilm beginnt vor 35.000 Jahren in einer Höhle im nördlichen Texas:
Zwei Urzeitbewohner bekämpfen dort ein Alien, töten es auch, jedoch werden sie von der schwarzen öligen Flüssigkeit befallen, die aus dem seltsamen Wesen quillt.

Schnitt in die Gegenwart: Ein Junge klettert in die Steinzeithöhle und wird Opfer der außerirdischen Lebenskraft, die seit Jahrtausenden dort schlummert. Er und der Feuerwehrmann, der ihn retten wollte sterben an der Alien-Pest. Das Syndikat versucht die Leichen verschwinden zu lassen und sprengt das Gebäude in dem die Leichen liegen in die Luft. Ein Mann namens Kurtzweil bringt Fox Mulder (David Duchovny) auf die Spur des Syndikats und der dahinterstehenden Verschwörung. An seiner Seite ermittelt die wie immer skeptische Dana Scully (Gillian Anderson). Vor den beiden FBI-Agenten liegt wieder viel Arbeit...