Dr. Sheila Casper (Dina Meyer) wird in die verschlafene Wüsten-Kleinstadt Gallup, Texas, gerufen. Unerklärliche Angriffe von Fledermäusen haben dort zu einigen grausigen Todesfällen geführt. Als sich die Nacht senkt, verdunkeln Schwärme von Fledermäusen den Himmel und fallen in die Stadt ein. Im Sturzflug greifen die Fledermäuse alle lebenden Wesen an, die ihnen vor den Radar kommen. Sie verwandeln die Stadt in einen Wirklichkeit gewordenen Alptraum. Jeder ist für sie ein Angriffsziel, und es ist unmöglich, sich vor ihnen zu verstecken. Sheila und Jimmy (Leon), ihr Assistent, suchen gemeinsam mit Sheriff Emmett Kimsey (Lou Diamond Phillips) nach Wegen, die Fledermäuse zu stoppen. Sie entdecken, dass ein Wissenschaftler (Bob Gunton) mit der Natur gespielt hat. Er hat die Fledermäuse genmanipuliert und mit einem Virus infiziert, der die gewöhnlich harmlosen Säuger in tödliche Killer verwandelt hat. Sie fangen und kennzeichnen eine der Fledermäuse, in der Hoffnung, das Tier werde sie zum Versteck des Schwarms führen. Die Fledermäuse, mit denen sie es hier zu tun haben, sind aber zu intelligent, um darauf hereinzufallen. Vor der einbrechenden Dunkelheit sucht das Forscher-Trio in einer verlassenen High School Schutz. Dort starten die Fledermäuse einen nicht enden wollenden mörderischen Angriff auf die drei Menschen...