Über einen Zeitraum von zehn Jahren erzählt der Film die Geschichte des jungen Brian (Brady Corbet), der seit seinem achten Lebensjahr immer wieder Blackouts hat und sich nicht mehr erinnern kann, was in den Stunden zuvor geschehen ist. Überzeugt, dass er von Außerirdischen entführt wurde, versucht er im Alter von 18 Jahren, den Hintergründen der merkwürdigen Geschehnisse auf die Spur zu kommen. Aber erst als Brian in New York den gleichaltrigen Strichjungen Neil (Joseph Gordon-Levitt) kennenlernt, der aus seiner Heimatstadt Kansas stammt und als Kind sexuell missbraucht wurde, offenbart sich der wahre, schockierende Hintergrund von Brians Gedächtnislücken ...