Ninja … Ninja waren … erbarmungslose Halbgötter, die mit ihren Kräften in früherer Zeit Japan beherrschten. Aber einige von ihnen begingen eine verbotene Form des Harakiris, die es ihnen erlaubte ihre Seelen im Kinkaku-Tempel zu speichern, um ihn der Zukunft wieder aufzuerstehen. Ihre Geschichte wurde verfälscht und verheimlicht, so dass die Wahrheit über diese Ninja schließlich verloren ging.
Nun, in einer Zukunft, in der kybernetische Technologie und elektronische Netzwerke die neuen Götter darstellen, fallen dunkle, wiederauferstandene Ninja-Seelen über Neo-Saitama her. Fujikido Kenji ist Büroangestellter und verliert seine Frau und sein Kind in einem Gebietsstreit der Ninja. Als er schon selbst dem Tod nahe ist, nimmt eine rätselhafte Ninja-Seele Besitz von ihm. Dadurch entwischt er noch einmal dem Tod und wird zu einem Ninja Slayer, mit dem Ziel alle der dunklen Ninja-Seelen zu töten.
