Amy Birnbaum

Die Handlung in den zwölf zusätzlichen Episoden weicht von der ursprünglichen ab und ist zeitlich zu einem nicht näher genannten Punkt innerhalb der Serie platziert. Die Duellanten kämpfen hier nicht mit Karten sondern mit Monstern, welche in Kapseln eingesperrt sind. In dieser Staffel bekommen auch Tristan und Tea, die sich eigentlich nur im Hintergrund aufhalten, eine tragende Rolle.

Während eines Routine-Angriffs von Sonic auf Dr. Eggmans Hauptquartier, um Cream the Rabbit und ihren Chao Cheese zu retten, geraten Sonic und seine Freunde in eine riesige und mysteriöse Explosion und werden in eine andere Dimension transportiert. Von seinen Freunden getrennt, findet sich Sonic in einem Pool wieder und da er nicht schwimmen kann, scheint für ihn sein letztes Stündchen geschlagen zu haben. Doch ein Junge namens Chris Thorndyke rettet Sonic aus dem Wasser..