Nach der Befreiung Romagnas scheint sich die Front beruhigt zu haben. Die Witches des 501st Joint Fighter Wing haben sich in alle Windrichtungen verstreut. Yoshika Miyafuji ist zum Pilot Officer befördert worden und ist in ihre Heimat Fuso zurückgekehrt. Ihr Leben verläuft normal, bis die Witch Shizuka erscheint und Yoshika einlädt, auf einer hohen medizinischen Universität in Europa zu studieren. Währenddessen tauchen erneut Neurois an den verschiedensten Ländergrenzen auf. Kaum in Europa angekommen, muss sich Miyafuji erneut im Kampf beweisen, an der Seite ihrer Freundinnen, den Strike Witches.
