Ninja-Krieger beobachten, wie ein gigantischer Feuerball in einem Waldstück einschlägt: an Bord ist ein gemeines (und Hand gefertigtes!) Alien, gegen das alle Wurfsterne und Spezialattacken nichts ausrichten.
Im von Aliens beherrschten feudalen Tokio erhält der junge Krieger Gintoki Sakata zwei Aufträge: Er soll einen fähigen Schwertkämpfer und gesuchten Terroristen aufspüren und das verfluchte Schwert Benizakura finden, damit dieses nicht in die falschen Hände gerät und für großes Unheil sorgt.
