Takamachi Nanoha ist ein Mädchen, das gerade in die dritte Klasse geht. Sie lebt bei ihren Eltern, die eine Kaffeestube betreiben und ihrer älteren Schwester, sowie ihrem älteren Bruder, die noch studieren. Bis sie einen Jungen aus einer anderen Welt traf, war sie ein ganz normales Mädchen. So geschah es, dass sie magische Kräfte von ihm erhielt. Nach dieser Begegnung muss Nanoha nun die Splitter eines Juwels einsammeln. Sie kommen auch aus der anderen Welt und sind über die ganze Erde verteilt.
Der Junge aus der anderen Welt kann sich in ein kleines Tier verwandeln und Nanoha hat einen Zauberstab, der durch ihren Willen erscheint. So ausgestattet muss sie die Juwelensplitter sammeln und einen Traum erfüllen, was zu diversen Unfällen führt.
