Der Film spielt vier Jahre nach dem Ende von "The Nun" und folgt Schwester Irene bei ihren Ermittlungen in einem Mordfall in einem Internat in Frankreich. Während ihrer Ermittlungen ist sie erneut gezwungen, sich der dämonischen Kraft Valak, der Nonne, zu stellen.
Die junge amerikanische Journalistin Trish sitzt ohne Pass in Nicaragua mitten in der Wahlperiode fest und trifft in einer Hotelbar auf den englischen Reisenden Daniel. Er scheint ihr der perfekte Mann zu sein, um ihr bei der Flucht aus dem Land zu helfen. Zu spät erkennt sie, dass sie stattdessen an seiner Seite in eine gefährlichere Welt eintritt.
Das französische Königreich ist in zwei Lager gespalten, als sich zwischen den katholischen Royalisten und den protestantischen Republikanern ein Bürgerkrieg abzeichnet. Die royalen Musketiere Athos (Vincent Cassel), Aramis (Romain Duris) und Porthos (Pio Marmaï) müssen mitsamt ihres neuen Rekruten D'Artagnan (François Civil) inmitten dieses Tumults besonders auf der Hut sein und jederzeit mit einem Anschlag auf Ludwig XIII. (Louis Garrel) rechnen. Zudem werden vom machthungrigen Kardinal Richelieu (Eric Ruf) und seiner Spionin Milady de Winter (Eva Green) jede Menge Intrigen am Hofe des Monarchen gesponnen. So arbeitet das Duo an einem Komplott, das das alles andere als kampfbereite Land in einen Krieg mit England stürzen soll ...
